El CENATH funciona en coordinación con la Dirección Nacional de Sanidad de las Fuerzas Armadas (DNSFFAA), en alianza con la Universidad de la República (UDELAR) y el Instituto Nacional de Donación y Trasplante de Células, Tejidos y Órganos (INDT). El organismo financiador de los tratamientos de alta complejidad es el Fondo Nacional de Recursos (FNR).
 
Estructura:

• Programa Nacional de Trasplante Hepático (PNTH): atención integral pre y postrasplante de adultos y niños, único a nivel nacional.
• Servicio de Enfermedades Hepáticas: consultas especializadas, hospitalización y procedimientos diagnósticos y terapéuticos.
• Unidad Docente Asistencial Centro de Tratamientos HPB (UDA HPB): consultas especializadas a pacientes de ASSE, enseñanza, investigación y extensión universitaria.